Thủy hử truyện bắt nguồn từ những ghi chép về cuộc khởi nghĩa Tống Giang trong Tống sử và một số ghi chép mang tính chất dã sử trong Đại Tống Tuyên Hòa di sự. Có thể nói Đại Tống Tuyên Hòa di sự, với nội dung về "Tống Giang khởi nghĩa, bị Trương Thúc Dạ đánh bại, quy hàng, theo đánh Phương Lạp", là tiền thân của Thủy hử truyện.

Thủy hử có nhiều phiên bản, bản 70 hồi, 100 hồi, 114 hồi, 115 hồi, 120 hồi, 140 hồi,... Theo Lỗ Tấn, có tổng cộng sáu bản Thủy hử, thuộc hai loại: 70 hồi và trên 70 hồi. Trong đó, bản 100 hồi được xem là gần với nguyên tác nhất, với tựa đề ban đầu là Trung nghĩa Thủy hử truyện, nội dung gồm việc các anh hùng Lương Sơn Bạc tụ nghĩa (thường nằm trong khoảng 70 hồi) và bình Liêu đánh Phương Lạp.[2] Bản Thủy hử phổ biến nhất là bản 70 hồi, do Kim Thánh Thán - một nhà phê bình nổi tiếng đời Thanh soạn lại. Kim Thánh Thán đã cắt bỏ hầu hết các nội dung khác, bao gồm việc đánh Liêu và Phương Lạp, chỉnh sửa lại theo quan điểm cá nhân, gia tăng bình luận của bản thân[3], từ đó tạo thành bản 70 hồi thường thấy ngày nay, gọi là Bình bản Thánh Thán hay Quan bản, Kim bản.[4]

Do sự cắt bỏ Kim Thánh Thán, các chi tiết chính Liêu và Phương Lạp được tách riêng, được bổ sung thêm phần bình Điền Hổ, Vương Khánh, tạo thành bản 115 hồi còn được gọi là Giản bản và được gọi chung là Tục Thủy hử, được cho là của La Quán Trung. Thời hiện đại, các nội dung trên đã được chỉnh sửa, biên tập lại để tiếp nối bản Kim Thánh Thán, thành bản 120 hồi ngày nay, trở nên phổ biến với tên gọi Thủy hử toàn truyện hay Viên bản. 49 chương cuối của Thủy hử toàn truyện được xuất bản tại Việt Nam với tên gọi Hậu Thủy hử.

Năm 1933, ở Thượng Hải xuất bản một bản Thủy hử với tên gọi Mai thị tàng bản, hay còn gọi là Cổ bản gồm 120 hồi với 70 hồi đầu tương đối giống bản Kim Thánh Thán. Nội dung Cổ bản hoàn toàn khác với Tục Thủy hử, nghĩa quân Lương Sơn Bạc không nhận chiêu an mà liên tục đấu tranh chống triều đình, cường hào ác bá đến cùng. Kết cục của Cổ bản là kết thúc mở, có thể do bị mất nội dung phần sau, được nhiều nhà nghiên cứu cho rằng liên quan tới chống Kim. Cổ bản Thủy hử là một bản sách gây tranh cãi khi có nhà nghiên cứu cho rằng đây là bản gốc trước khi bị Kim Thánh Thán cắt bỏ.

Ngoài ra, còn có một quyển sách tên là Thủy hử hậu truyện gồm 40 hồi, viết tiếp bản 100 hồi, với nội dung là các thủ lĩnh còn sống sót cùng con em của Lương Sơn Bạc lần nữa tụ nghĩa, trừ gian thần, kháng quân Kim. Một bộ truyện khác là Đãng khấu chí của Du Vạn Xuân, gồm 70 hồi, viết tiếp bản 70 hồi của Kim Thánh Thán, với nội dung là Lương Sơn Bạc bị triều đình đánh dẹp. Kim Bình Mai cũng là một tác phẩm diễn sinh từ Thủy hử. Một số nhân vật của Thủy hử xuất hiện hoặc có quan hệ với một số nhân vật khác trong tác phẩm Thuyết Nhạc toàn truyện (xuất bản tại Việt Nam với tên gọi Nhạc Phi diễn nghĩa). Còn một tác phẩm nữa mang tên Hậu Thủy hử truyện, tuy nhiên nội dung của tác phẩm này hầu như không liên quan tới Thủy hử.